山东
1399年4月，徐辉祖上疏朱允炆，请他处死自己的三个外甥。收到奏疏后，朱允炆急召黄子澄入宫，与徐辉祖商议。在说到朱高煦兄弟三人时，徐辉祖突然跪伏于地，挽着朱允炆的衣袖，厉声道：
“我的三个外甥中，唯有朱高煦勇悍无比，非但不忠于皇帝，也不忠于他的父亲，今日若不除去，日后必是大患。”
可是，黄子澄却坚决反对，他力劝朱允炆放朱高煦三人回北平。不久后，朱棣在北平起兵靖难，徐辉祖提兵北上击溃朱棣，救出命悬一线的李景隆，并在浦子口压制燕军，挡住朱棣的锋芒。然而，眦眦必报的朱棣却在攻入应天5年后，才将死敌徐辉祖逼死。那么朱棣为何不在称帝后就杀掉徐辉祖呢？他与徐辉祖之间究竟发生了什么？徐辉祖又为何劝谏朱允炆杀掉朱高煦呢？
“大义灭亲”的舅舅
徐辉祖是中山王徐达的长子。1384年，徐辉祖以功臣子弟的身份进入左军都督府，执掌军事。徐达病逝后，徐辉祖袭封魏国公爵位，在分驻常德、湖广等卫所时立有大功，赐一百二十人的护卫。
朱允炆册封皇太孙时，朱元璋大肆清洗开国勋贵。然而，徐辉祖作为徐达的嫡长子，却没有受到任何牵连。当时，朱元璋非常重视徐辉祖和李景隆，有意锻炼二人，将他们培养成拱卫朱允炆地位的大屏障。
在军营里，徐辉祖极受傅友德的信赖。跟随傅友德多年，徐辉祖学到了一身本领。1393年，徐辉祖与朱棣北上蒙元，生擒阿鲁帖木儿，功勋显赫。因此，徐辉祖受命掌控中军都督府。
此后多年，徐辉祖常常前往北平练兵备边。故而，他与三个外甥朱高炽、朱高煦、朱高燧非常熟悉。
朱元璋病逝后，朱允炆不顾徐辉祖的反对，执意采纳黄子澄、齐泰的建议，大力削藩。当时，藩王中实力最强的当属燕王朱棣。朱允炆采用“先易后难”的战术，废掉了周王朱橚、代王朱桂，逼死了湘王朱柏，并以北平布政使张昺暗中监察朱棣的动向。
朱棣虽有心反抗，却苦于没有力量，只能麻痹朱允炆。朱元璋病逝一周年之际，朱棣以病重为由，将自己的三个儿子全部派往应天，以示没有反叛之心。
朱高炽兄弟三人抵达应天后，齐泰就建议朱允炆将他们全数扣留，以此充当人质，防备朱棣发动叛乱。然而，朱允炆却犹豫不决。他与朱高炽、朱高煦自小相识，关系很好。尤其是朱高炽，对他更是礼敬有加。因此，朱允炆在此时犯了心软的毛病。
徐辉祖听说后，不顾甥舅之情，密奏朱允炆处死朱高炽兄弟，大义灭亲。在谈到朱高煦时，徐辉祖称他勇悍无比，日后必成大患。可是，黄子澄却坚决反对。而在朱允炆询问徐增寿和驸马王宁时，心向朱棣的二人当即劝说朱允炆放人。故而，在朱允炆的愚蠢操作下，朝廷不仅失去了钳制朱棣的人质，还将勇武的朱高煦完整地送还到北平。
压制朱棣
不久后，朱棣在北平起兵靖难。张昺、谢贵，相继被杀，北平九门沦为朱棣的掌中之物。朱允炆急调老将耿炳文北上，却在真定遭到朱棣的袭击，损失惨重。当时，朱允炆萌生了换帅的想法。在朱元璋后期，开国名将中只剩下耿炳文、郭英二人。耿炳文善守不善攻，郭英从未单独挂帅过。因此，朱允炆只能在第二代将领中寻找合适的人选。
徐辉祖早年四处练兵，曾深入草原袭击蒙元，战功赫赫。可徐辉祖与朱棣的关系亲密，作为朱棣的妻弟，徐辉祖难以受到朱允炆的完全信任。故而，黄子澄、齐泰共同推举李景隆挂帅，携兵50万伐燕。
然而，郑村坝一战，李景隆损兵折将，狼狈逃窜，犹如丧家之犬。当时，朝中大臣多举荐徐辉祖接替李景隆，却遭到了朱允炆的拒绝。他以李景隆无法完全掌控部队为由，再次将一心平叛的徐辉祖压制在应天。
1401年，李景隆在白沟河与朱棣展开决战。徐辉祖以李景隆轻敌为由，多次劝说朱允炆批准他带兵北上。可是，在得到朱允炆的允准之后不久，李景隆就兵败白沟河，损失兵马数十万，济南以北全境沦陷。若不是徐辉祖疾驰北上，击溃了追赶李景隆的燕军，李景隆必当命丧山东。
此战过后，朱允炆看清了李景隆的无能，将他弃用。在朱棣抵达灵璧齐眉山时，平安、何福相继战败。徐辉祖再次领兵北上，一战击溃朱棣，斩杀朱棣麾下大将李斌，迫使朱棣暂时退兵。